Après avoir obtenu un doctorat à l'Institut Pasteur, je suis aujourd'hui chercheur postdoctoral au CQSB @Sorbonne-Université à Paris. Mes travaux portent principalement sur l'application de techniques d'apprentissage automatique aux données de séquences biologiques. Plus récemment, j’ai travaillé sur des méthodes d’apprentissage profond pour l’inférence phylogénétique.

J’ai rédigé ma thèse en open source. Vous pouvez la consulter, si vous le souhaitez, sous forme de site web HTML ici ou de document PDF ici.
Les diapositives que j'ai utilisées pour la soutenance sont également disponibles ici.

CV en format court & long

Publications ¹

Retrouvez la liste complète sur Google Scholar ou ORCID.

Prépublications:

• Garot Vincent, Blassel Luc, Nesterenko Luca, Zhukova Anna, Alizon Samuel, Jacob Laurent, Teddy: Neural Inference of Epidemiological Parameters from Viral Sequences. bioRxiv (2026)
• Blassel Luc, Boussau Bastien, Lartillot Nicolas, Jacob Laurent, Likelihood-Free Inference of Phylogenetic Tree Posterior Distributions. arXiv (2025)

Articles publiés:

• Nesterenko Luca*, Blassel Luc*, Veber Philippe, Boussau Bastien, Jacob Laurent. Phyloformer: Fast, Accurate, and Versatile Phylogenetic Reconstruction with Deep Neural Networks. Molecular Biology and Evolution 42,msaf051 (2025).
• Blassel Luc, Medvedev Paul, Chikhi Rayan. Mapping-Friendly Sequence Reductions: Going beyond Homopolymer Compression. iScience,105305 (2022).
• Zhukova Anna*, Blassel Luc*, Lemoine Frédéric, Morel Marie, Voznica Jakub, Gascuel Olivier. Origin, Evolution and Global Spread of SARS-CoV-2. Comptes Rendus. Biologies 344,57-75 (2021).
• Blassel Luc, Tostevin Anna, Villabona-Arenas Christian Julian, Peeters Martine, Hué Stéphane, Gascuel Olivier. Using Machine Learning and Big Data to Explore the Drug Resistance Landscape in HIV. PLOS Computational Biology 17,e1008873 (2021).
• Blassel Luc, Zhukova Anna, Villabona-Arenas Christian J, Atkins Katherine E, Hué Stéphane, Gascuel Olivier. Drug Resistance Mutations in HIV: New Bioinformatics Approaches and Challenges. Current Opinion in Virology 51,56-64 (2021).
• Lemoine Frédéric, Blassel Luc, Voznica Jakub, Gascuel Olivier. COVID-Align: Accurate Online Alignment of hCoV-19 Genomes Using a Profile HMM. Bioinformatics 37,1761-1762 (2020).

Présentations

• “Likelihood-free inference of phylogenetic tree posterior distributions”
  Dec 11 2025, LEGEND 2025 (slides)
• “Likelihood-free inference of phylogenetic tree posterior distributions”
  Nov 27 2025, LEGO 2025 (slides)
• “Deep end-to-end likelihood-free inference of phylogenetic trees”
  Sep 11 2025, MLCB 2025 (slides)
• “Deep likelihood-free inference of phylogenetic trees”
  Sep 08 2025, MASAMB 2025 (slides)
• “Deep likelihood-free inference of phylogenetic trees”
  Jun 17 2025, CQSB Seminar (slides)
• “Deep likelihood-free inference of phylogenetic trees”
  Jun 13 2025, DEELOGENY meeting (slides)
• “PhyloFormer and phylogenetic reconstruction with deep neural networks”
  Nov 21 2024, LISN Bioinfo seminar (slidessource)
• “Phyloformer: fast, accurate and versatile phylogenetic reconstruction with deep neural networks”
  Jun 20 2024, MCEB 2024 (slidessource)
• “Can we improve analyses by transforming DNA ?”
  May 21 2022, RECOMB-SEQ/CCB Joint Communication Session 2022 (slides)
  second place award for jargon-free scientific communication
• “Mapping-friendly sequence reductions: Going beyond homopolymer compression”
  May 21 2022, RECOMB-SEQ 2022 (slides)

Enseignement

• “Data Structures in C”
  2023-2024, L2@Sorbonne Université
  Semester-long theory and practical implementation courses.
• “Phylogenetics and comparative genomics”
  2023-2025, M2@Sorbonne Université ( Notebook )
  Yearly 2h practical sessions on deep learning for phylogenetics.